정자 수가 적거나 정자 모양이 비정상적인 경우가 전체 불임 문제의 35%를 차지한다. 남성 불임의 원인은 다음과 같다.
호르몬 문제로 인해 건강한 정자가 잘 만들어지지 않는 경우, 남성 호르몬인 테스토스테론의 분비가 불충분하거나 여성 호르몬인 에스트로겐이나 프로락틴의 과다 분비가 원인이된다. 또 뇌종양이나 외상 등으로 인해 남성 생식계에 호르몬의 변화가 일어나 발생할 수도 있다.
정자가 만들어지고 성숙하는 과정을 거치는 동안 정자의 통로가 폐쇄되는 경우, 이런 폐쇄는 선천성 기형인 경우도 있고 수술(정관수술)이나 클라미디아에 의한 감염(여성이 클라미디아 치료를 받지 못하면 난관이 막히게 되는 것처럼), 또는 외상(자동차 사고로 인한 골반 골절 같은 외상)에 의해서도 발생할수 있다.
정자가 정상적으로 운동하지 못하는 경우. 정자 운동 시스템 형성에 장애가 생기는 선천성 기형으로 섬모이상 증후군 같은 경우이거나 또는 정자가 형성되는 주위에 정소 내부의 정맥이 확장되어 정맥류를 형성하게 되면서 정자의 운동성이 떨어질수 있다. 정관이 성병 등으로 인해 부분적으로 막히게 되는 경우는 정자가 통과하는데 많은 시간이 소요되면서 오래되고 죽은 정자들만이 사정된다.
정자가 제때 배출되지 못하여 아예 난자에 도달하지 못하는 경우도 있는데 사정이 안 되거나 발기부전등이 이에 속한다.
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